Le parcours Mathématiques pour la Santé et l'Environnement (MSE) fournit aux étudiant·es une formation mathématique transverse  et leur apprend à mobiliser les compétences ainsi acquises pour résoudre et simuler des problèmes liés aux enjeux actuels d’environnement et de santé. 

Le parcours est structuré en deux semestres. Le premier semestre est consacré au socle mathématique transverse avec des cours des parcours FQ, AMS et SOD complétés par un cours de reinforcement learning. Il est suivi d’un deuxième semestre de spécialisation, dédié aux cours de mathématiques appliquées au vivant, comprenant d’une part les cours de profil issus du Master 2 Mathématiques pour les Sciences du Vivant (MSV) de l’Institut Polytechnique de Paris et d’autre part deux cours ENSTA d’imagerie médicale et de modélisation biomécanique cardiaque. Le parcours permet par ailleurs de valider le M2 Mathémathiques pour les Sciences du Vivant, en plus du diplôme ingénieur·e de l’ENSTA Paris.